Phòng chuyên môn, nghiệp vụ chịu sự lãnh đạo trực tiếp của Giám đốc và chịu trách nhiệm về toàn bộ công tác tổ chức, hành chính, kế hoạch, công tác bảo vệ chính trị nội bộ trong Bệnh viện. Phòng có nhiệm vụ đôn đốc và kiểm tra việc thực hiện quy chế bệnh viện, tổ chức chỉ đạo công tác chuyên môn nghiệp vụ của Bệnh viện và toàn bộ hoạt động công tác chỉ đạo tuyến về phòng, chống phong; bệnh da và các bệnh lây truyền qua đường tình dục.